肠道中的有益菌群对人体来说有益无害的，而且也是必须存在的。这些菌群也称之为“益生菌”，是由相当固定的细菌组成，其有规律地定居于人类身体和肠道的一些特定部位，成为身体的一个组成部分。

　　有益菌群在肠道中有着非常重要的生理作用，其除了产生维生素等营养素以及神经递质外，其重要的作用还在于维持肠道内的环境稳定，使肠道免受外界因素的变化而引起破坏。

　　在菌群之间生物的拮抗作用中，有益菌群在人体某一特定位置粘附，定植和繁殖，形成一层菌膜屏障。通过拮抗作用，抑制并排斥过路菌群的入侵和群集，并调整人体与微生物之间的平衡状态。同时，有益菌群能刺激人体产生免疫及清除功能，通过抑制有害菌群的生长来减少毒素的产生与吸收，减低肠道内膜细胞的炎性反应，并抑制慢性炎症，清除体内的致癌因子，从而达到预防和清除肿瘤细胞的作用，起到一定的抗肿瘤的效果。此外，其产生的维生素或其他的抗氧化物质，也可以起到抗衰老的效果。